まず「どのキューも同じだけ遅い」ことを確認
冒頭・中盤・終盤から1つずつ抜き出して確かめます。3つとも同じくらいの秒数だけ遅ければ全体オフセットで、全体オフセットのステップ1つで直ります。冒頭は合っているのに後になるほどずれが大きくなるなら別の問題で、対処は字幕が後になるほどずれる修理法をどうぞ。
入れる数値:前へは負、後ろへは正
タイミング調整ツールに全体オフセットのステップを追加し、値の枠にずれの量を入れます。字幕が遅いなら負の数で前に引き、早いなら正の数で後ろに押します。1.5 秒遅いなら -1.5。単位は秒です。

実行して最初のキューを確認
実行すると、結果欄に各キューの元と新しい時刻が並んで表示されます。まず最初のキューを見ます。新しい開始時刻がセリフのフレームに乗っているか。次に中盤の1つを抽出確認。全キューが同じ量だけ動き、それぞれの長さは変わりません。
書き出し
確認が済んだらそのままダウンロード。出力形式は元ファイルと同じが初期値で、別の形式にも切り替えられます。変わるのは時刻だけで、テキストは1字も触りません。