たいてい同じ一件を直している
1 シーズン分の字幕が駄目になっているとき、話ごとに別の原因があることは稀です。たいていは同じ原因が全話に落ちています。同じ字幕グループが全話をエンコードした(形式もウォーターマークも共通)、同じ映像バージョンに全話を合わせた(ずれる向きも量も同じ)、あるいは訳語がシーズンを通じて揺れてしまった。
まず 2 話(最初のほうと最後のほう)を開いて、同じ不具合かを確かけてから着手してください。最初と最後で症状が違うなら、それはまとめて解決できる類の問題ではありません。
一回で済むもの
形式の統一だけが、本当に一回で終わる作業です。SRT や VTT を何十本もまとめて 一括変換 に投入し、変換先を選んで一つの ZIP を受け取ります。インデックスの振り直しとタイムスタンプの正規化もこの一手で終わり、台詞は一字も変わりません。

一件ずつしかないもの
次に挙げるものには一括の入口がなく、一件ずつ通すほかありません。ただし一度だけやれば、あとは全話に適用できる等価な手順は存在します:
- まとめて時刻をずらす:各話のずれが同じなら、タイムコード調整 で 1 話分のずれを測って数字を控え、残りの話には同じ数字を入れる
- 用語の統一:用語集を 用語置換 で一度作り、各字幕に同じ用語集を当てる
- ウォーターマークの統一除去:ウォーターマークは決まったパターンなので、字幕クリーニング の既定チェックでよくあるものは網羅済み。一件ずつ通すだけ
順番を間違えない
いくつも手を入れるなら、順番を間違えるとやり直しになります。この順で進めてください:
まず文字コードを直す → 次に形式を統一 → それから内容を変更(ウォーターマーク、用語、時刻)→ 最後に品質チェック。文字コードを直さずに形式を替えても、出てくるのは器を替えた文字化けです。形式を統一せずに内容を替えると、対応範囲がツールごとに違ってきます。

認識できなかったファイルの扱い
一括変換で「認識できませんでした」となったファイルは ZIP に入らず、一覧に残ります。原因は三つほど:字幕ファイルではない(説明ファイルが混ざった)、文字コードが UTF-8 ではない、内容が時刻のない一続きにつぶれている。
文字コードの問題は 文字化け修復 で一件ずつ、形式の問題は フォーマット変換 で一度変換してから一覧に戻します。件数を稼ぐために、認識できなかったものを無理に押し込まないでください。プレイヤーで 1 話欠けに気づくほうが、今の 1 分よりよほど面倒です。
関連ツールとガイド
一括変換の全手順は 字幕の一括変換の使い方、まとめて時刻をずらすなら タイムコード調整の使い方、納品前の最終確認は 字幕品質チェック。