Costuma ser sempre a mesma mudança
Quando as legendas falham numa temporada inteira, raramente cada episódio tem o seu problema: normalmente é uma só causa a cair sobre todos os episódios: o mesmo grupo as codificou todas (por isso formato e marcas de água coincidem), todas foram feitas para a mesma versão do vídeo (por isso o sentido e a quantidade do desfasamento também coincidem), ou as transliterações foram divergindo ao longo da temporada.
Vê dois episódios primeiro (um do princípio e outro do fim) e confirma que é o mesmo problema antes de fazeres nada em lote. Se os dois não coincidirem, isto não é coisa que o lote resolva.
O que se faz numa passagem
Uniformizar o formato é a única coisa que de verdade acaba numa passagem: arrasta dezenas de SRT e VTT para Conversão em lote, escolhe o formato de destino e descarrega um ZIP. A renumeração e a normalização das marcas de tempo acontecem nesse mesmo passo, e não muda uma palavra do diálogo.

O que tem de ir ficheiro a ficheiro
Estes não têm entrada em lote e há de passá-los um a um, embora costume existir um equivalente que só tem de ser feito uma vez e depois se aplica à temporada toda:
- Desfasamento uniforme de tempos: se todos os episódios se desfasaram o mesmo, mede o desfasamento de um em Ajuste de tempos, aponta esse número e mete o mesmo nos outros
- Terminologia uniforme: configura o glossário uma vez em Substituição de termos e aplica-o a cada legenda
- Tirar marcas de água de forma uniforme: as marcas de água são padrões fixos e Limpeza de legendas já cobre as habituais por omissão: arrasta cada ficheiro
Não te enganes na ordem
Quando há várias coisas para fazer, a ordem errada significa repetir trabalho. Faz por esta ordem:
Primeiro trata a codificação → depois uniformiza o formato → depois muda o conteúdo (marcas de água, terminologia, tempos) → por fim o controlo de qualidade. Converter formatos antes de tratar a codificação só te dá ilegibilidade noutro contentor; mudar o conteúdo antes de uniformizar formatos é trabalhar com suporte de ferramentas inconsistente.

O que fazer com os ficheiros não reconhecidos
Os ficheiros assinalados como não reconhecidos ficam fora do ZIP e continuam na lista. Três motivos habituais: não é um ficheiro de legendas (um readme metido no meio), a codificação não é UTF-8, ou o conteúdo ficou achatado num bloco sem marcas de tempo.
Problemas de codificação vão para Corrigir caracteres ilegíveis um a um; problemas de formato, para Conversor de formatos antes de voltarem à lista. Não metas os não reconhecidos à força só para subir o número: descobrir que falta um episódio no leitor custa muito mais do que o minuto que isto te poupa.
Ferramentas e guias relacionadas
O percurso completo da conversão em lote, em Como converter legendas em lote; desfasamentos uniformes de tempo, Como ajustar os tempos; uma última passagem antes de entregar, Controlo de qualidade.