Primeiro distinga os dois tipos de desalinho
Há dois tipos: o deslocamento uniforme atrasa (ou adianta) igual do começo ao fim; a deriva progressiva começa certa e o erro cresce rumo ao fim, podendo chegar a minutos. Este artigo trata da segunda — para a primeira, veja adiantar ou atrasar o arquivo inteiro.
Por que cada vez pior
A deriva vem de dois relógios diferentes: as três causas mais comuns são (1) diferença de fps — legendas de um filme de 24fps numa fonte de 25fps perdem mais de um segundo por minuto; (2) o vídeo foi acelerado ou desacelerado e as legendas mantiveram o ritmo original; (3) uma gravação VFR (quadros variáveis) cuja linha do tempo já é irregular. O traço comum: o erro cresce quase linearmente com o tempo de reprodução.
Corrigir com duas âncoras
Como o erro cresce linearmente, fixar um tempo correto em cada ponta e redistribuir o meio proporcionalmente devolve tudo ao lugar. No editor, adicione duas âncoras: os campos "atual" já vêm com os tempos originais do arquivo; você observa o vídeo e digita quando a primeira e a última legenda realmente aparecem nos campos "alvo".

Como verificar o resultado
Depois de rodar, o painel de resultado lista os tempos originais e novos lado a lado. Confira três pontos: a primeira legenda, uma do meio e a última — as posições de erro original mínimo, médio e máximo. Se as três caem, tudo cai.

Quando duas âncoras não bastam
A correção de duas âncoras assume um erro linear. Se a fonte é uma gravação VFR com salto de fps no meio do filme, o puxão linear não conserta o trecho central — tome uma legenda central claramente errada como terceiro ponto, corte aí e aplique duas âncoras em cada metade. Depois de corrigir, reveja o trecho central em velocidade normal para confirmar que não ficou desalinho local.